Coronavirus

Pourquoi ne participeriez-vous plus aux réunions du comité scientifique ?
Je n’ai pas deux heures à perdre dans des causeries où il ne faut surtout froisser personne.


Certains vous reprochent de prédire l’avenir.

-Il ne s’agit pas de prémonition mais de savoir. Dans le domaine qui est le mien, je sais ce que je dis et ce que font mes équipes. Certains ne veulent pas y croire ? C’est leur problème. Les politiques et leurs décisions, c’est l’Histoire qui les juge. On connaîtra la vérité.


Avez-vous ajusté vos indications thérapeutiques ?

-Notre doctrine, c’est de détecter et de traiter le plus en amont. L’hydroxychloroquine fonctionne sur les cas modérés à sévères. Quand les patients sont en réanimation, c’est trop tard.


Justement, l’essai clinique Discovery va être mené sur des patients très atteints…

-Si on avait envie de prouver que ça ne marche pas, on ne s’y prendrait pas autrement. Il y aura une enquête parlementaire après ça et elle sera sanglante, autant que l’affaire du sang contaminé. Et ce sera pire si le gouvernement décide de refuser l’accès au médicament.


Mais même l’Organisation mondiale de la santé met en garde contre le traitement que vous préconisez…

-Je suis médecin et je fais ce qui me paraît le mieux pour les malades. Cela veut dire les tester, évaluer l’état de ceux qui sont positifs et les traiter avec les thérapies disponibles. Aujourd’hui, l’hydroxychloroquine associée à l’azithromycine a commencé à donner des résultats. Alors, que ça respecte ou non les procédures scientifiques habituelles...

https://marcelle.media/2020/03/26/covid-19-entretien-avec-celui-qui-est-au-coeur-des-polemiques-didier-raoult/

Lors d’une infection virale aigüe, l’organisme produit très rapidement une molécule, l’interféron (famille des cytokines), une protéine qui joue un rôle de coordinateur entre les cellules immunitaires en vue de sécréter des anticorps. Selon une nouvelle étude, le coronavirus tirerait paradoxalement avantage de ce mécanisme de défense pour infecter nombre de cellules du corps humain.

L'enzyme ACE2 est une molécule présente à la surface de certaines cellules. C'est elle que le virus utiliserait comme porte d'entrée pour infecter les cellules. Mais une protéine présente en surface du virus aurait besoin d'être activée pour cela, et une autre enzyme de la cellule (appelée TMPRSS2) l'y aiderait. Le virus aurait donc semble-t-il besoin d'ACE2 et de TMPRSS2 pour rentrer dans une cellule et l'infecter. Or les interférons stimulent l'ACE2, et ce d’autant que la dose est importante : en réponse aux interférons, une cascade de molécules se fixent en effet à proximité du gène codant ACE2 (? ndlr), ce qui plaide en faveur de l’hypothèse que l’interféron augmenterait l'activité d’ACE2.

L'ACE2 est principalement présent sur les cellules qui tapissent l’intérieur des alvéoles pulmonaires, mais aussi au niveau des fosses nasales ainsi que dans l'intestin grêle, tissus où l'on trouve aussi des TMPRSS2.

https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2020/04/26/covid-19-comment-le-coronavirus-exploite-la-reponse-immunitaire-pour-attaquer-des-cellules-respiratoires-et-intestinales/

L’épidémie laisse des pans entiers du pays tranquille. Dix départements concentrent la moitié des décès, seize comptent moins de dix morts cumulés. Cette diffusion en tache d’huile semble constante. L'étonnant, c’est non seulement cette concentration de l’épidémie mais aussi le fait que ça ne bouge pas dans le temps. Les rassemblements jouent un rôle clé, la contamination y est maximale et l'épidémie s’auto-amplifie. Ce phénomène aurait une explication : plus on est exposé à une forte dose infectieuse, plus on développerait des symptômes graves et plus on serait contaminant. Ça expliquerait aussi pourquoi le taux de létalité peut passer du simple au double selon qu'on se situe en dehors ou à l’intérieur d’un cluster.

Une question demeure : pourquoi la grippe n'a elle aucune préférence géographique ? Pourquoi déferle-t-elle de manière synchrone et homogène sur l’ensemble du territoire alors qu'elle est censée être moins contagieuse ? L’une des clés pourrait résider dans le rôle des asymptomatiques. La moitié des personnes grippées ne déclarent aucun symptôme mais sont contagieuses, ça permet une diffusion silencieuse du virus avant le démarrage visible de l’épidémie, ce qui explique que tous les pays d’Europe de l’Ouest passent au rouge au même moment. Dans le cas du Covid-19, chaque pays fait son entrée de manière successive. C'est un argument en faveur de l’hypothèse d’une absence d’ensemencement préalable par les asymptomatiques (la part des personnes asymptomatiques varie entre 20 et 50 % selon les études).

Nous n’utilisons pas les bons modèles pour prédire l’évolution de cette épidémie. La majorité des modèles sont recyclés de la grippe, avec comme hypothèse la transmission de manière aléatoire et homogène du virus. Ces modèles fonctionnent à l’intérieur des clusters mais risquent d’être inopérants ailleurs.

https://nantessecteurouest.wordpress.com/2020/05/01/regions-epargnees-pourquoi-le-virus-y-circule-peu-mediapart/

A la question de la contagion des asymptomatiques, les autorités ne répondent jamais ; les types semblant fiables parlent d'incertitudes sans jamais en dire plus ; les experts et autres médecins abonnés aux plateaux tv éludent ou répondent tout et n'importe quoi.

A la question de la durée de la contagion, on parle de 2 jours à un mois, en moyenne d'une semaine ou un peu plus ; les chinois parlent eux de cycles de 5 jours en moyenne.

Pour ce qui est du R0 selon la plupart des avis, un porteur infecterait 2 à 3 personnes en moyenne ; certaines études américaines envisagent elles entre 4 et 9 personnes.

Sur l'immunité c'est le flou total, des anticorps semblant ne pas forcément suffire à la garantir. On a même parlé d'une étude récente chinoise pour qui seuls 2% des porteurs d'anticorps seraient immunisés !

A la question du nombre de touchés par le virus, le chiffre officiel de testés positifs est de 110.000. Delfraissy et "des scientifiques" n'hésitent pas eux à parler de 7 millions de personnes (10% des français).

Pour la létalité (nombre de morts par rapport aux infectés), on est entre 0,2 et 2% voire plus ! 10% de touchés par le virus (selon Delfraissy), ça ferait 0,2 ou 0,3 %. Raoult est à 0,5% dans son IHU. Le chiffre le plus souvent cité est de 2%.

Une équipe de chercheurs a mené une étude poussée des malades recensé dans un des principaux foyers allemands infecté après la participation à un carnaval. À Gangelt 15 % des 11.000 habitants a été infectée (et 22 % des infectés ne présentait aucun symptômes). Cette étude, basée sur des entretiens et analyses auprès de 919 personnes, permet de déterminer avec précision le taux de létalité de l’infection. Le taux de décès parmi ces malades a atteint 0,37 %.
Si nous extrapolons ce chiffre aux près de 6700 décès associés au Covid-19 en Allemagne, le nombre total de personnes infectées serait estimé à environ 1,8 million, soit dix fois supérieur au nombre total de cas officiellement signalés.

https://www.huffingtonpost.fr/entry/coronavirus-une-personne-infectee-sur-cinq-ne-presente-pas-de-symptomes_fr_5eb039c3c5b66ee76aef62ea?utm_hp_ref=fr-homepage

"Afin de déterminer si la proximité avec les autres participants et la formation accrue de gouttelettes par des conversations et des chants bruyants ont contribué à une évolution plus forte de la maladie, nous prévoyons des investigations supplémentaires".
L’étude affirme en outre que les infections au sein d’une même famille sont assez réduites, et apparaît très similaire chez les enfants, les adultes et les personnes âgées.

Le début de l’examen au Sénat du projet de loi prorogeant l’état d’urgence sanitaire a été marqué par le débat sur la responsabilité pénale des décideurs locaux, notamment des maires. La commission des lois avait adopté dans la matinée un amendement au texte du gouvernement excluant toute responsabilité des élus en cas de contamination par le Covid-19 pendant la durée de l’état d’urgence sanitaire (à moins que les faits aient été commis intentionnellement, par imprudence etc). Nous ne pouvons déconfiner sans protéger l’exercice des responsabilités de ceux qui en seront chargés", a expliqué M. Bas, qui préside la commission des lois.

La ministre de la justice a tenté de s’y opposer en présentant un amendement de suppression. "Je comprends la volonté de clarifier le cadre juridique, mais sa rédaction expose à un risque constitutionnel au regard du principe d’égalité devant la loi pénale". Le gouvernement est disposé à préciser la loi, mais la réponse mérite d’être travaillée", a-t-elle plaidé. En vain.

"Vous ne créerez pas la confiance si vous ne rassurez pas les maires, a rétorqué Bas, nous ne céderons pas sur ce point". La surprise est venue du groupe LRM qui n'a pas suivi le gouvernement. L’amendement du gouvernement a recueilli zéro voix. Pire qu’un camouflet.

https://www.lemonde.fr/politique/article/2020/05/05/responsabilite-penale-des-maires-le-camouflet-du-senat-au-gouvernement_6038714_823448.html

Les cas de réinfections en Corée du Sud étaient de fausses alertes, et les guéris sont bien protégés.

Les personnes guéries sont-elles vraiment immunisées contre le risque d’une nouvelle infection ? Certains indices ont pu nous inquiéter : des dizaines d’individus guéris ont de nouveau été déclarés positifs en Corée du Sud. La piste d’une possible réinfection semblait ouverte. Heureusement, l’Organisation mondiale de la santé a depuis précisé que ces résultats en Corée du Sud n’étaient pas des réinfections, mais en fait des tests qui rendaient des "faux positifs" à cause de cellules mortes contenant des fractions de virus.

https://www.lefigaro.fr/sciences/coronavirus-des-elements-rassurants-sur-l-immunite-individuelle-20200505

Lundi 4 mai, Emmanuel Macron a indiqué que les résultats de l’essai clinique Discovery seraient dévoilés dix jours plus tard. Le 6 mai, Florence Ader, qui pilote l'étude, suggère que le calendrier du président de la République est optimiste. La coopération européenne au centre de cet essai est en effet enlisée. Yazdan Yazdanpanah, qui chapeaute Discovery, a estimé que la coopération européenne autour de Discovery était "un échec". A ce jour, seul un patient luxembourgeois a été ajouté aux 740 malades français enrôlés.

https://www.lemonde.fr/planete/live/2020/05/06/coronavirus-en-direct-le-projet-de-loi-prolongeant-l-etat-d-urgence-sanitaire-examine-a-l-assemblee-nationale_6038791_3244.html

Une grosse claque. C’est ce que viennent d’encaisser les chercheurs de l’AP-HP en charge de conduire un essai clinique sur le Tocilizumab, qui s'étaient félicités de ce que ce traitement améliore le pronostic des patients sévèrement touchés par le Covid. Patatras. Cette info n’a pas été du goût des membres du comité de surveillance et de suivi des données, seuls habilités à valider les résultats de l’essai. Selon eux, l’étude souffre de "nombreux dysfonctionnements", tels une modification suspecte des critères en cours de route ! Le comité a remis sa démission. "C’est dommage ce qui s’est passé car les cliniciens qui l’utilisent croient à cette molécule", soupire Yasdan Yasdanpanah.

https://www.liberation.fr/france/2020/05/06/tocilizumab-l-essai-clinique-de-l-ap-hp-caviarde-brise-mais-libere_1787566

Peut-on estimer le nombre de victimes du Covid-19 en France ? Jérôme Salomon, communique le nombre de morts en milieu hospitalier et en Ehpad. Les malades non testés n’y figurent pas. Pour tenter d’estimer cette mortalité cachée du virus, l’Insee publie chaque semaine un décompte par département des décès, que l’on peut comparer à ceux de 2018 et 2019. Les dernières données diffusées montrent que l’excès de mortalité par rapport à 2018 et 2019 a nettement décru, après avoir atteint un pic fin mars.

Il existe un délai entre le moment où une personne meurt et le moment où son décès est pris en compte par l'Insee. Ce délai est dû à la manière dont les communes transmettent ces données.
En raison de problèmes techniques affectant la mairie de Marseille, les données concernant les Bouches-du-Rhône sont "plus fragiles que celles des autres départements et seront davantage révisées"

https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/04/24/coronavirus-age-sexe-departement-la-hausse-de-la-mortalite-francaise-en-six-graphiques_6037681_4355770.html

L’OMS reconnaît que la médecine traditionnelle, complémentaire et alternative recèle de nombreux bienfaits. L’Afrique a d’ailleurs une longue histoire de médecine traditionnelle et de tradi-praticiens de santé qui jouent un rôle important dans les soins aux populations. Des plantes médicinales telles que l’artemisia annua* sont considérées comme des traitements possibles de la COVID-19, mais des essais devraient être réalisés pour évaluer leur efficacité et déterminer leurs effets indésirables. Les Africains méritent d’utiliser des médicaments testés selon les normes qui s’appliquent aux médicaments fabriqués pour les populations du reste du monde. Même lorsque des traitements sont issus de la pratique traditionnelle et de la nature, il est primordial d’établir leur efficacité et leur innocuité grâce à des essais cliniques rigoureux.

https://www.afro.who.int/fr/news/loms-soutient-une-medecine-traditionnelle-reposant-sur-des-elements-scientifiques-probants

Devant ce virus insaisissable, le premier réflexe fut de s'en remettre à "ceux qui savent", sans que l'on sache très bien s'il fallait inclure sous cette appellation les praticiens (hospitaliers bien sûr, car les médecins de ville ont été méprisés tout au long de cette crise), les épidémiologistes (dont la science est celle des projections plus ou moins aléatoires) ou l'administration de la santé (qui a apporté de multiples preuves de sa capacité à prescrire tout et son contraire).
Le pouvoir politique n'a fait lui qu'interdire, menacer, et rejeter la responsabilité sur ceux que l'on menace. "Il ne vous appartient pas de juger si vous pouvez marcher sur une plage, mais c'est à vous de décider si vous renvoyez vos enfants à l'école". Mieux, vous êtes priés de retourner travailler, donc de renvoyer vos enfants à l'école, mais vous ne saurez pas si vous avez eu le virus, car vous n'êtes pas aptes à comprendre ce qu'implique cette information.
On ne testera que ceux qui ont des symptômes. Et il sera impossible à ceux qui pensent l'avoir eu de faire vérifier l'information puisque les tests sérologiques seront effectués selon des critères extrêmement restreints, alors même qu'on nous explique qu'il est important de comprendre comment progresse l'épidémie. Impossible de savoir si les précautions qu'on a prises ont été efficaces ou non, impossible de déterminer si l'on a été infecté.
On n'osera demander si, une fois encore, cette doctrine absurde a pour unique but de masquer la pénurie. Prière d'avancer, mais dans le noir. Le résultat est déjà visible : ceux qui ont le choix évitent à tout prix de reprendre une activité, nourrissent une angoisse compréhensible.
Un enseignement se dégage. Face à l'incertitude, la démocratie est le régime le plus efficace. Parce qu'il postule la responsabilité des individus et les rend maîtres de leurs décisions. Rien à voir avec ce néolibéralisme autoritaire qui postule la minorité des citoyens, retient les informations et multiplie les interdits pour mener à la baguette des gens rétifs sur qui pourtant on se défausse pour éviter qu'ils n'intentent des procès. Contrôler des crétins angoissés ou informer et gouverner des hommes libres de leurs décisions souveraines, tel est le dilemme de tout dirigeant.

https://www.marianne.net/debattons/editos/controler-des-cretins-ou-informer-des-hommes-libres

Angela Merkel a prévenu que toute nouvelle augmentation du taux d'infection ferait "déborder" le système de santé allemand. "Même avec un taux à 1,1, nous pourrions atteindre les limites de notre système de santé en terme de lits en réanimation d'ici octobre" (...) "avec un taux à 1,2, nous atteindrons les limites de notre système de santé en juillet. Avec un taux à 1,3 nous y arriverons déjà en juin".

Dans le premier cas (de R0), on voit mal comment les 25.000 lits pourraient être remplis en un mois, sachant que les allemands en sont autour de 200 morts en moyenne par jour, alors qu'en France et au plus fort de la crise, on était à 700 morts par jour et 7000 lits occupés ! Alors quoi : 2500 morts par jours ? (l'Allemagne ayant moitié moins de morts en hôpital, on peut imaginer le pic allemand des lits de réa occupés ait tourné autour de 3500 lits).

J'ai essayé un moment avec le peu de chiffres bruts à dispo, je ne suis arrivé à rien. Sur quel chiffre d'infectés Merkel, ou plutôt Drosten, aurait pu se baser pour arriver à remplir 25.000 lits de réa avec un R0 de 1,3 ? Pas facile quand on n'a ni le chiffre des réas ni celui du nombre d'hospitalisés allemands. Il doit bien exister une équation qui, sur une base d'un cycle de contamination de 4 jours (chiffre de Drosten) et avec un taux de contagion de 1,3 (idem), permet d'arriver au nombre d'infectés de départ, mais d'une part je la connais pas, de l'autre le nombre d'infectés ne dit pas comment arriver à 25.000 lits de réas pleins, sinon avec encore des chiffres censés être les inconnues de l'équation (nombre d'infectés, taux de létalité).


Ne me restait alors plus qu'une solution : partir de l'étude de l'EHESP et comparer. L'étude disait que sans confinement, on serait arrivé en un mois à 72.000 morts, 670.000 hospitalisations et 100.000 lits de réa occupés. A l'échelle allemande il faut ajouter 25% à ces chiffres... ça fait donc dans les 90.000 morts et 800.000 hospitalisés dont 125.000 en réa. On voit donc que sur un seul mois, le nombre de lits de réa allemand aurait lui aussi explosé.

Des données de l'EHESP, j'avais déduit que le taux exponentiel de croissance était de 1,17 par individu et par jour. Or en partant de ce chiffre maximum de 25.000 lits de réa, il faut encore 10 jours à ce taux pour arriver à 120.000. Un mois moins 10 jours = 20 jours. Ça veut dire que dans les 3 premières semaines, le chiffre de 25.000 lits de réa occupés aurait été atteint. Or Merkel parle de d'engorgement en octobre à 1,1 et à 1,2 en juillet. Donc 20 jours, ça colle pas du tout !

C'est qu'avec ces histoires de clusters (disons plutôt de régions très touchées, c'est plus juste), j'ai même douté des chiffres de l'EHESP en cours de route. En tous cas, ma conviction est désormais qu'il faut raisonner en deux parties séparées : les régions très touchées et exponentielles et les autres (même si on peut diviser les régions en bien plus que deux, bien sûr). Mais je ne sais pas non plus comment l'EHESP a raisonné : comme pour une grippe ou non ? Devais-je tenter de reprendre leurs chiffres en séparant les "clusters" du reste... ou l'ont-ils déjà fait ?

En tous cas, ils sont partis de la base que les morts doublaient tous les 4/5 jours et disent avoir poursuivi. Ils mentionnent par ailleurs que dix départements concentrent la moitié des décès (ce qui semble montrer qu'ils sont conscients du problème). En fait, cinq départements totalisent 5000 morts en hôpital, les dix premiers amènent à 8000 et les 15 premiers à 10.000. Reste donc 5000 morts pour les 86 restants (soit 60 morts par département, un chiffre j'imagine bien inférieur à la mortalité annuelle de la grippe). Par ailleurs, au nombre de morts par habitant, le premier département vert est l'Indre, classé 22° à cet indice. Bref, la zone rouge mérite bien son appellation.

Mon chiffre de 1,17 de croissance quotidienne de contagion n'avait plus sinon de sens, du moins d'intérêt : le taux doit forcément être supérieur en zone rouge et très inférieur (en moyenne) en zone verte (même si le virus est affreusement dangereux pour certains quelle que soit la zone). Du coup, le problème revient alors à savoir quel doit alors être le taux de contamination de la zone rouge pour que les chiffres collent ? Collent parce que les chiffres de l'EHESP n'ont pas de raison d'être faux puisqu'en plus, eux partent de chiffres de la mortalité (globale donc).


Drosten part lui d'un R0 de 3, soit 3 infectés par cycle de contagion d'un individu, et des cycles de 4 jours environ (c'est ses chiffres). Or une contagion de 3 en 4 jours amène à une croissance quotidienne de 1,45 (1,45^3 = 3). Sauf qu'à 1,45, on double pas en 4 à 5 jours : on triple en 4 ! (on comprend là que la zone verte devient proportion négligeable par apport à la croissance globale). Il semble donc avoir fait ses stats en différenciant les approches selon les régions, l'EHESP aussi... et même Pasteur du coup (gloups), que j'avoue avoir lu un peu vite (ce qui n'exclut pas mes critiques sur les deux chiffres imposés, la comparaison avec un bateau etc) : il n'était en fait question que de "simuler" une épidémie croissante à partir d'un seul cas, et non de prendre le résultat en considération pour l'appliquer à la France (en outre, je ne sais pas ce qu'il ont bidouillé à partir de cette simulation).
 
Le chiffre de 1,45 paraît donc n'être pas loin du taux moyen de croissance quotidienne en zone rouge sans confinement. On doit en fait pouvoir aboutir à d'autres chiffres en affinant plus précisément chaque région (plus on affine, plus les chiffres se préciseront, jusqu'aux moindre cluster proprement dit). En tous cas, ça corrobore l'idée que les autorités semblent avoir les chiffres (ou en tous cas ce genre de chiffres, avec telle marge d'incertitude) et peut-être depuis un bon moment, au point de les employer dans leurs études.


FIN de l'enquête (enfin ça y ressemble).

grrr  

8.674 cas positifs ont été enregistrés entre le 1er et le 9 mai, en France. Il y aurait en réalité de 3 à 4000 nouvelles contaminations chaque jour, selon l’épidémiologiste Daniel Lévy-Bruhl, de Santé publique France.

https://www.lemonde.fr/sciences/article/2020/05/11/coronavirus-ce-que-la-science-ignore-encore-a-l-heure-du-deconfinement_6039272_1650684.html

Toute la France commence son déconfinement sauf Mayotte, en raison d'une circulation élevée de l’épidémie. Selon le dernier bulletin de l'ARS, 1023 cas ont été officiellement recensés contre 650 le dimanche précédent ; 46 personnes sont hospitalisées, dont neuf en réanimation, pour onze décès. Le pic de l’épidémie est attendu autour du 20 mai.

https://www.lemonde.fr/societe/article/2020/05/10/a-mayotte-tous-les-ingredients-pour-un-embrasement-epidemique_6039251_3224.html

Pour Sibeth Ndiaye, et "de mémoire", l'OMS a commencé à dire qu'il fallait tester de manière massive au mois d'avril".

Le 5 mars, le Haut Conseil de la santé publique indiquait : "on ne dispose pas à ce jour de données issues d’essais cliniques évaluant l’efficacité et la sécurité d’options thérapeutiques spécifiques dans la prise en charge des infections". Toutefois, se référant à des recommandations d’un comité de l’OMS du 24 janvier, il faisait déjà un choix : "le traitement spécifique à privilégier selon une approche compassionnelle est le remdesivir" (médicament du très influent laboratoire Gilead).
Et dans les médias, certains caciques de l’administration sanitaire (à l’instar du directeur général de l’AP-HP Martin Hirsh dès le 1° mars), déclaraient déjà que le traitement différent proposé par le professeur Raoult (IHU de Marseille) ne servait à rien et qu’il était dangereux. Ainsi, avant même la constitution du Conseil scientifique chargé de la gestion de la crise du Covid, le 11 mars, le choix du ministère de la Santé était déjà fait. Et l’on comprend mieux comment est arrivé dans le débat l’argument de la dangerosité cardiaque de l’hydroxychloroquine.
La suite est connue (etc...)